下の状態で、「選択していた形状でくり抜く」をすると車の車体もくり抜きたい部分も消えてしまいます。
何がよくないかご指導お願いします。
画像を見た限りでは問題なさそうなので、一つ確認させてください。
「選択していた形状でくり抜く」を選択したときに
「処理形状に非多様体が含まれています。ブーリアンにより、正確な結果が得られない可能性があります。」
と言うメッセージは出ましたでしょうか。
データ受け取りました。
原因が分かったので少しお待ちください。
円の掃引体の辺りに一つの頂点に対して沢山の稜線が接続されている頂点がありました。
あまり好ましい状態ではないのですが、「1mm」外側（円の掃引体側）に移動させてみてください。
たぶん、上手くいくと思います。
面倒であれば
水色で囲んだ部分の頂点を右か左に整列させてください（整列のショートカットキーは私が設定したものなので無視してください。）
肝心の原因ですが、多数の「自己交差面（同一ポリゴンメッシュ内で交差している面）」が原因だと思います。
問題ない場合も有れば今回のように問題となる場合もありますので、極力避けたほうがいいと思います。
