自由曲面からポリゴメッシュに変換後、面と面の形状を結合させたいのですが、ツールボックス内の近接頂点結合が点灯せず先に進まない、画面上部にある頂点も点灯しない、何か設定方法があるのしょうか。
ブラウザで下画像のように「パートごと」選択した状態で頂点結合しようとしていませんか？
その場合、点灯しないのでポリゴンメッシュの方を直接選択してください。
また、上画像のように対象となるポリゴンメッシュが二つ以上の場合は頂点結合ができないので、
先にポリゴンメッシュを1つのポリゴンメッシュに結合してから頂点結合を行ってください。